系统中，为什么插入了一段额外代码，让初号机狂暴化，为什么这段额外代码里，还有摧毁插入栓的内容。
这是一场谋杀，而我需要一个说法，要么，将这场谋杀的幕后凶手交出来，绳之以法，要么，取消全球所有的傀儡系统，将所有傀儡系统永久封存。”
初号机还在朝着总部的方向走去，一时间总部之中一片沉默，有人觉得这只是小孩子在胡闹，但有人却已经开始了认真的思考。
“我忘记了，赤木律子小姐一直都是和我父亲保持着密切的联系的，所以发生在我身上的这些事情，赤木律子小姐其实早就是清楚的吧。
那么现在我要讨个说法了，不用尝试拖延时间，关于北美基地的研究我已经看过了，拥有了s2机关之后，我的机体就可以像使徒一样拥有无限能源，一直工作，只要我想，不要说是这里。总部，全世界所有nerv总部，我都能去拜访一遍，现在告诉我，你们要怎么选择。”
不同于原本历史线上，碇真嗣在遭受到傀儡系统的背叛之后，像是闹脾气的小孩子一样，疯狂的破坏金字塔，这次的碇真嗣没有对总部做出任何破坏，但带给人的压迫感却比每一次都要更加恐怖。
“胡闹够了没有？不要管他，增加lcl液体的浓度，强行收回初号机！”碇源堂虽然感觉情况已经朝着失控的方向发展，但还是极为强硬，对于初号机他已经做了不知道多少的手脚，就算没有这些，也有绝对的对驾驶员的强制措施。
碇真嗣也听到了这个命令，同时感觉到，驾驶舱中的液体开始出现了变化，他的呼吸开始变得困难起来，这种状况如果持续下去的话，就算是他现在的状态特殊，大概只需要几分钟时间就会彻底晕过去，如果不是解开基因锁的状态的话，或许几秒钟时间内就会晕过去。
“讲道理讲不通就和我讲物理？”碇真嗣站定在了原地，然后再出号机的体表一层金色的光膜浮现出来，刚好将初号机全部笼罩，随后初号机内部的变化就停止了下来。
“你们应该比我更加理解什么是at力场，什么叫做绝对领域？在这种领域之中，我可以拒绝外来的一切，可以拒绝动能打击，自然也可以拒绝你们传递来的电磁波。
只要我不同意，你们对插入栓内部的一切操作都没有意义，不信你们可以试试，试试强制弹出，试试切断连接，甚至你们可以试试。我座椅
对于这些设置，你们真的以为我完全不知道吗？将人类的终极兵器交给个人来操控，特别是这个人，还是个未成年的孩子，怎么想都知道，你们肯定会在插入栓上，增加众多的限制。
而我一直以来也都知道这一切，既然如此，你们就应该明白，在没有把握破解这一切之前，我是不会用初号机来威胁你们的。”
初号机还在继续前进，距离大金字塔已经只剩下几百米，那高大的身躯甚至直接在大金字塔的窗口就能够看到，那种末日来袭一般的压迫感，那种终极boss苏醒的压迫感，简直让总部之中的人窒息。
“反击，让零号机出击，强制收回初号机。”碇源堂依旧保持着自己的强硬，这也是他执行自己的计划所必须的。
然而他的命令很快得到了回应，零号机的驾驶员拒绝驾驶，并且零号机的傀儡系统无法对零号机进行操控。
更让碇源堂始料未及的是……
总部金字塔的最下方，最终教条区，随着电梯门在密钥的辅助下打开，绫波丽穿着作战服，独自走了进去，而她面对的，是被钉在十字架之上，体型巨大的莉莉丝。
随着凌波丽来到巨型人体旁边，灵魂中的某种力量似乎开始了与眼前的庞然大物共鸣，虽然是衰弱的被封印的状态，但本体足有四阶高级的力量即便只是泄露出一点，也对凡人世界有着无比强大的影响力。
随着这部分力量开始共鸣，零号机也开始了暴走，插入其中的傀儡系统被零号机强制弹出，随后在天上乱飞的插入栓被零号机，一把抓住，在机体巨大的力量下一把捏碎。
碇真嗣身上出现的意外碇源堂多少能有些预料，毕竟这孩子这一次变得太过坚强。似乎从灵魂本质的层面都变得更加强大了，超出预计也是有可能的。
但绫波丽本应该最听他的话的，这个时候也出意外了就意味着情况已经彻底失控，绫波丽是没有能力抵抗傀儡系统的，也没有能力靠着自己的力量就屏蔽掉基地的电磁信号，保证零号机的独立运转。
因此她并没有选择登上零号机，那样做，不管她想不想，最终都必须要和碇真嗣战斗。而现在的她选择的则是让零号机彻底失控，无法参与到战场之中。
只有eva才能对抗eva，虽然这不是一个定律，但基地的防御火力朝着初号机攻击过去，的确没有起到任何作用，六边形的光芒顶在初号机的面前，将所有的攻击都拒绝在外。
在零号机无法启动，二号机的驾驶员被他们亲自坑到昏迷的状况下，眼前似乎已经没有什么能阻止初号机了